Село располагается на границе Республики Алтай и Алтайского края. Расстояние от Бийска по трассе Бийск - Солонешное - Усть-Кан 200 км.
Стоит село на реке Ануй.
В Черном Ануе есть красивый восстановленный деревянный православный храм.
Село известно прежде всего тем, что недалеко от него находится Денисова пещера - археологический памятник мирового значения.
Сотовой связи нет.