Истоки реки на самом юге Горного Алтая под ледником Канасский, справа от перевала Канас. По своему пути река пересекает все плато Укок, и при слиянии с рекой Джазатор образуют Аргут. Основной приток Ак-Алахи - Кара-Алаха.
Туристы-водники организуют сплавы по реке. Самые мощные пороги Светлана и Азартный.