Катунский заповедник образован 25 июля 1991 года.
Заповедник находится на территории Усть-Коксинского района Республики Алтай. Он расположен в самой высокогорной части Алтая - на Катунском хребте. Площадь заповедника 151 тыс. га. К территории заповедника прилегает Гора Белуха (4 506 м) - самая высокая точка Сибири, объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО. Заповедник расположен на высотах от 1300 до 3280 м.
Катунский заповедник включен во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы Юнеско 'Человек и биосфера' - 2000 год