Река находится в Кош-Агачском районе.
Река Чаган-Узун является левым притоком реки Чуя. Именно она придает известный грязновато-серый оттенок реке Чуя. Чаган-Узун образована при слиянии реки Талдура с рекой Чаган.
В нижнем течении реки Чаган-Узун расположены древние рудники и писанцы железного века, которые являются археологическими памятниками.
В устье ущелья Чаган-Узун на правом берегу обнаружены так называемые сухие водопады - округлые котлы и ванны, выбитые по каньонообразному руслу, очевидно, катастрофическими водными потоками из прорвавшихся ледниково-подпрудных озер.