Озера расположены в Усть-Коксинском районе Горного Алтая в Катунском хребте. Попасть на озера можно несколькими путями: поднявшись по реке Акчан и перевалив перевал Куйгук, либо подняться по реке Мульта и уйти по ее правому притоку реке Куйгук.
Нижнее Куйгукское озеро - небольшое, с бирюзового цвета водой. По берегам растет кедр, в округе много брусники, черники и зарослей жимолости, грибов. Далее долина сужается, начинается набор высоты к Верхнему озеру.
Из Верхнего озера срывается по каменной плите 30-метровый водопад. Верхнее Куйгукское озеро имеет длину около 1 км и ширину 300-400 м. В южной части в озеро со снежников и ледников впадают небольшие ручьи-водопады.